1：脱水问题：湿法烟气脱硫后一般来说烟气的含水量比较高，烟气带水很容易造成排烟管道、烟囱的被腐蚀与风机叶轮粘灰、结垢，引起风机震动，缩短风机使用年限时间。

2：结垢与堵塞：石灰石湿法脱硫过程存在的困难是石膏的结垢与堵塞，喷嘴、管道的堵塞直接影响系统的正常运行，故此防结垢的保护装置对石灰石湿法系统尤为重要。吸收塔、管道与除雾器的结垢、堵塞原因是烟气中氧气把亚硫酸钙氧化成硫酸钙（石膏），而石膏发生过饱和而造成的。结垢主要采用自然氧化方式的湿法脱硫系统中发生的。

3：烟温低：经FGD系统后，温度降低至50~60℃，归结于低于露点，这样一来会导致烟温过低，因而不太方便烟气扩散，且烟气结露会导致排烟管道及烟囱被腐蚀。一般来说，湿法脱硫装置要求安装烟气再热进而提高烟温。
4：被腐蚀与磨损：归结于烟气中含有4%-12%含水量，生产SO3会形成硫酸雾，当温度低的时候，硫酸雾凝结成硫酸依附在设备内，或溶于洗涤液中，这样一来会导致设备被腐蚀严重。

5：除尘：烟气中除了含有SO2，还有很多的烟尘，如果在吸收SO2时能够很好地除去烟尘，简而言之除尘脱硫一体化，并降低设备投资高。

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